La Comunidad de Paz de San José de Apartadó desde su conformación ha sufrido los ataques, persecución y violación de sus derechos humanos por parte de todos los actores del conflicto, incluyendo la Fuerza Pública, situación que ha denunciado reiteradamente y por la cual cuenta con medidas provisionales por parte de la Corte Interamericana de Derechos Humanos.