Desde el momento que el mando naval tuvo conocimiento de la desaparición del personal, ordenó el despliegue hacia Buenaventura de una comisión presidida por el Inspector General de la Armada de Colombia, con el fin de realizar la verificación de los hechos presentados, al tiempo que se ordenó la apertura de las investigaciones para esclarecer las circunstancias en las que se presentaron las desapariciones. De igual manera, puso en conocimiento de los hechos a la Fiscalía General de la Nación, cuyas investigaciones actualmente se encuentran en curso.