La Ley Estatutaria de la JEP (1957 de 2019) señala que se concederá la amnistía lo más amplia posible a quienes hayan sido acusados o condenados por delitos políticos o conexos. Sin embargo, la misma Ley 1957 prohíbe que se otorguen amnistías o indultos a los autores de:

-Crímenes de guerra.
-Delitos de lesa humanidad.
-Ejecuciones extrajudiciales.
-Reclutamiento de menores.
-Acceso carnal violento y otras formas de violencia sexual.
-Genocidio.
-Toma de rehenes u otra privación grave de la libertad.
-Tortura.
-Desaparición forzada.
-Sustracción de menores.
-Desplazamiento forzado.

Temporalidad y prevalencia de la JEP
El plazo para que la JEP concluya sus funciones, de acuerdo con el artículo 34 de la Ley Estatutaria, es de 10 años, contados a partir del 15 de marzo de 2018, fecha en la que esta jurisdicción abrió sus puertas.

Sin embargo, existe la posibilidad de extender el plazo por otros cinco años, por solicitud de los magistrados de la JEP. Este último plazo podría prorrogarse por cinco años más. En todo caso, la JEP no podrá funcionar por más de 20 años.

Asimismo, la JEP, de acuerdo con lo establecido en el Acto Legislativo 01 de 2017, prevalecerá sobre las actuaciones penales, disciplinarias, fiscales o administrativas por conductas cometidas directa o indirectamente durante el conflicto armado.

Normativa que rige a la JEP
De otra parte, la Jurisdicción Especial para la Paz, según los artículos 23 y 24 de la Ley 1957, se rige por los lineamientos establecidos en:
La Constitución Política de Colombia
Los Actos Legislativos 1 y 2 de 2017
Las normas sobre procedimientos que se expidan para el funcionamiento de la JEP conforme a lo establecido en el artículo transitorio 12 del Acto Legislativo 01 de 2017 y lo establecido en la Ley Estatutaria.

Además, la JEP debe tener como referentes:
El Derecho Internacional en materia de Derechos Humanos (DIDH) y el Derecho Internacional Humanitario (DIH).
El Código Penal colombiano
El Derecho Penal Internacional.