De acuerdo con el proceso adelantado por la Unidad Especial de Homicidios de la Dirección Seccional de Fiscalías de Antioquia, Pérez Villar fue asesinado por liderar el proceso de sustitución de cultivos en el Bajo Cauca antioqueño.
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Al parecer el contratista se gastó el dinero y para evitar pagar la deuda, contrató a un grupo de sicarios de una banda delincuencial conocida como Bolo Abajo que delinque en el sur del Valle de Aburrá. Esta estructura criminal realiza labores de sicariato para la llamada Oficina y el Clan del Golfo.