Los investigadores establecieron que un día antes de su muerte, Pérez Molina fue retenido por un grupo ilegal armado que delinque en el vecino barrio de Aranjuez, cuando trataba de huir por unos callejones del sector. Los victimarios lo señalaron de participar en el intento de hurto de una motocicleta en el que falleció su conductor Diego Alexánder Pérez López, de 36 años de edad, y resultó lesionado el parrillero Wiston Alberto Gutiérrez Aguirre.
De acuerdo con el material probatorio recopilado, nunca se cumplió con el objeto de los citados contratos que contemplaban obras de limpieza y mantenimiento de arroyos, caños y reservorios, y parte de los 28.000 millones de pesos destinados para la ejecución, al parecer, terminaron en manos del entonces director de la Corporación, Olaff Puello Castillo, y algunos de sus colaboradores y contratistas en la entidad.
Mediante interceptación de comunicaciones y labores investigativas, se estableció que entre los meses de febrero y marzo de 2017, Palacio Tapias habría ordenado la muerte de Jhonatan David Moreno Corrales, Alirio Moya Uribe, Edwin Alberto Zapata Gutiérrez y Cristian Camilo Porras Romaña.
El 5 de septiembre de 2018, la Seccional Medellín de la Fiscalía General de la Nación recibió, provenientes de Estados Unidos, reportes que daban cuenta de un computador en la capital antioqueña desde el que se ofrecían servicios sexuales de infantes y adolescentes.