Botero fue señalado por sectores de oposición de supuestamente permitir “la violación de los derechos humanos” por las Fuerzas Militares, tener conflictos de intereses por dirigir la cartera de Defensa y aparecer en la junta de una empresa de seguridad privada, y de “mentirle al país” en el caso de la muerte del exmiembro de las Farc Dimar Torres. En el caso del excombatiente, el ministro dijo había fallecido durante un forcejeo con militares, pero después la Fiscalía señaló como responsable a un cabo del Ejército.